九九真元变化之功，共分三层，初层就是天罡三十六般变化，只是能变化简单的东西，例如什么大山，石头，树木等粗浅的，就跟猪八戒所学的一样，中层的就是地煞七十二变，可以将身子变化成很多复杂的东西，就是齐天大圣孙悟空所学的本事，而最高境界的道术，最后一层是九九玄功，九九归真八十一变，可以天人合一，心想事成，可以令元神不死不灭，学会之后，可以打遍三界没有对手。
其实，若是孙悟空学会玉霄后来修成的九九元功，有了九九玄功，九九归真八十一变的本事，能做到随心所欲，天人合一的话，那如来佛祖早就被孙悟空打败，也不可能逃不出如来的手心，但这九九元功，可谓是道家最高的本事，哪里能轻易的传人，所以，这九九真元玄功，九九归真，八十一般变化的事，道家中，除了凌玉霄后来参悟透，修炼成功，用来打败天魔，拯救了人类之后，再也没有外传，从此就失传了。
这种九九元功，不死不灭，九九八十一变，天人合一，纵横三界没有对手的本事，除了凌玉霄之外，就连鸿钧老祖，原始天尊，太上老君，如来佛祖等等这些最厉害的神仙，都不会，所以，这些神仙的本事，日后，都在凌玉霄之下，若是跟玉霄比斗，最后都是玉霄的手下败将，所以日后，凌玉霄是天地之间，三界之中，最厉害的一位不为人知的尊神。
凌玉霄千年之后收孙悟空为徒，就在西天如来眼皮底下二十载，传授给孙悟空本事，如来都不曾觉察，玉帝也不曾察觉，可见孙悟空师傅玉霄的本事远在佛祖之上了。
但齐天大圣孙悟空的师傅究竟是谁，没有人知道，玉皇不知，老君不知，如来也不知，没有什么神知道孙悟空跟谁学的本事，就连孙悟空自己也不知道，这乃是千古以来的一件悬案，就连如来可以洞察天地苍生，可却窥不破孙悟空的师傅是谁，可见凌玉霄的修为已经在如来之上。
其实，凌玉霄传授给孙悟空本事，乃是化名菩提祖师，之所以他以道士的身份传授给孙悟空本事，又以释教的法号叫