第二波的流感却与第一波不同，这一波流感传染性非常强，其死亡率也比普通流感高了近五十倍，尤其在二十至三十五岁的青壮年族群中死亡率特别高，其症状除了高烧、头痛之外，还有脸色发青和咳血等，许多人早上还正常上班，中午染病，晚上便死亡了。
面对突然爆发的灾难，各国政府这才开始努力隔离病患，对所有公共场合进行消毒，几乎所有国家都宣布限制公民进入公共场所，包括电影院、舞厅、体育馆等场所一律被关闭。
所有人都要尽量呆在家中，避免交叉感染，但是他们也仅限于隔离和预防，由于没有特效药，整个望乡星的医疗水平又不高，各国都没有什么好的办法消除这些可怕的流感病毒。
在所有国家之中，中华帝国开始预防最早，其方法也最为彻底。方啸宇有在前世非典中的经验，做出了非常多的规定。
第一，号召全国开始了卫生大清理活动，消除卫生死角，较少疾病的传播途径。第二，中华财团下属的各化工厂大量生产次氯酸和过氧乙酸，定期分发到各地政府，由各地清洁队对所有公共场所定期进行消毒。第三，除了要求居民尽量待在家中以外，还要求他们尽量带上口罩，并尽量避免吃生食，水也要煮开五分钟后才能饮用。
除了这些规定方啸宇早在第一次流感出现之后，就从受感染的士兵中间采集了病理植株，交给医学院研究特效药，甚至小风也将病理植株扫描进芯片，在模拟环境下进行对比和研究。但是任何一种药品的研制，都需要长时间的研究和临床验证，不是一两年可以搞出来了。
９０９年５月，第二波流感开始大爆发以后的两个月，中华帝国境内终于也出现了病例，就连马达加斯加岛上的中华军士兵中的病例，也开始出现显著增加，甚至出现死亡。
对于这些病例方啸宇非常重视，他立刻要求卫生部长孙小眉专门开辟医院安置这些病患并进行免费治疗。孙小眉也很重视，亲自带人给这些人制定治疗方案，结果在治疗中，孙小眉意外的发现中