在潘兴元帅的部队撤退之后，中华军不但没有立即占领五大连湖东岸，反而以地方不靖为借口，抽调部队在占领区内进行清剿，前线部队则以兵力不足为借口，只是坚守自己的地盘，对湖对面的那些伤病员不加理会。
粟志珍派兵清剿占领区也并非无用，在掌控了越来越大的波士顿帝国领土之后，这片土地上生活的两千万波士顿人成了一个大麻烦。一直以来在波士顿帝国内部，中华帝国都是被宣传成邪恶的国家，是波士顿帝国的敌人，他们的军队是一群杀人不眨眼四处劫掠的疯子，这样的宣传相当有效果，不少人在家乡沦陷之后，都选择了组织游击队，对抗中华军的占领。
人们的思想意识是难以在短时间扭转的，而对于这些异族人，粟志珍也没有想去扭转他们的思想。被派出清剿的国防军两个集团军分为两路，他们一路收拢起所有波士顿居民，将他们汇聚起来组成集中营。
方睿君对于清剿工作也很重视，他特地从国内将还未训练完成的六个集团军新兵调到了波士顿帝国。这些新兵训练未足，如果上战场是有些困难的，但让他们在后方维持治安，看管集中营就完全可以胜任了。
国防军在将波士顿人聚拢起来之后，交给预备役部队进行看守，这样波士顿人抵抗的可能性就大大降低了。那些已经组建起来的游击队因为缺少了民众基础，他们不但难以躲避清剿，给养的获取也变得越来越困难，在国防军的反复清剿之下，很快土崩瓦解，除少数战死之外，多数都选择了投降。
投降的游击队员被特别聚拢起来，他们将在关押期间从事非常危险的开矿工作，那些进入集中营的普通波士顿人自然也不会闲着。在国内提供了大量种子和工具之后，这些人开始在预备役士兵的监督下，在集中营周围开垦耕地，大量种植粮食。
在波士顿帝国北方河流众多，到处都是一望无际的大平原，这里非常适合种植粮食和蔬菜，在国防军中一些农村士兵的指导下，粮食种植很快顺利展开了。这些种出来的粮食不但能够养活