很多事情，程家龙其实有自己的看法和判断。
就比如说，程世杰在针对土司问题的时候，采取了比较温和的做法，就是把安南的红河平原，与土司领土进行置换。
所以，针对这场改土归流是比较温和的，也比较平静。可问题是，程家龙却认为这样做会留下隐患，毕竟不是所有的土司都像秦良玉一样，秦良玉的石柱土司对朝廷忠心耿耿，无论是崇祯朝，还是天启朝，包括现在的鼎新朝。
程家龙就在改土归流的内阁决议上，留下了不同的看法，必须要彻底解决土司问题，针对拒绝改土归流的土司，必须使用了雷霆手段镇压。
内阁也感觉不能太放任，不过按照程世杰的方式，已经解决了大部分土司问题，至少将近三分之二的土司放弃了原本的辖区，开始向安南迁徙。
不过仍旧将近有两百个大小的土司，他们拒绝改土归流，哪怕是前往当地调查农业和水文气候的官员，也被土司给抓起了砍了脑袋。
内阁勃然大怒，决定出兵镇压，结果西南各地遍地烽火，处处狼烟。这种情况朝廷也有预料，那些土司肯定是要收拾的，他们起兵造反，正中朝廷下怀。
但是那些被奴役的奴隶也跟着造反，而且反得比土司还要积极，就让郑森就想不通了：“世子，朝廷明明是在帮助那些奴，还分田地给他们，要让他们过好日子啊，他们干嘛要反？”
程家龙淡淡地笑道：“那些奴隶，从一出生就开始被土司欺负，慢慢的就觉得土司骑到他们头上是天经地义的事情，如果有人要将骑在他们头上的土司踹翻，他们甚至比挨踹的土司还要忿怒！这些贱骨头，没救了的！”
郑森问道：“那朝廷当如何应对？”
程家龙道：“只能打，打到他们将朝廷当成新的主人为止。”
除了这件事，还有对此南洋的布局，这件事程家龙也比较上心，在西班牙与大明建立外交关系，而西班牙希望大明可以派出舰队和使团，前往西班牙。
内阁给出的意见是