拔除疫病的过程漫长而痛苦。
李智云专程从长安请来了时下最受长安百姓欢迎的巫女，并听从巫女的建议，冒着生命危险亲自进入已被薛举大军实际控制的山林里，采到了凌晨太阳初升时沾着露水的只有在那片山林中才生长着的珍贵草药。
在巫女的指引中，李智云将李世民的大帐用柴堆隔绝起来，在卧房的中央布置了一口巨大的铁锅，将巫女精心配制的草药倒进铁锅里，并从未停止往锅里添水。
每隔半个时辰，李智云便按照巫女设定好的顺序添加一味崭新的药材。令他紧张又苦恼的是，这些据说药性完全不同的药材彼此看起来简直长得一模一样，但他克服了所有困难，按照女巫的嘱托一丝不苟地圆满完成了所有熬药的流程和环节。
他不放心任何毛手毛脚，或者看起来像模像样、却不负责任连陪床都能睡着的兵士，熬药的每一个环节都要亲身参与，于是整整七天七夜，他没有睡过一个好觉。
直到七天以后，李世民吸饱了卧室里弥漫的草药味，并将最后浓缩成一碗黑色浆糊的药粥喝进肚子里，病情才开始好转。之后，又整整经历了二十一天的休养，才第一次从他患病以来从未离开的床铺上走了下来。
李世民卧床养病的这段时间里，由于李智云疏于军事也不甚感兴趣，刘文静接管了军队的指挥权。
在沾染疫病初期头脑尚还清醒的那段时间里，李世民下达了深挖壕沟、高筑营垒的命令，并在彻底陷入与疫病的生死对抗前，向刘文静作了最后的交代：
薛举孤军深入，辎重难随，月许之后必定粮草短缺士卒疲惫。时间站在我们这一边，千万不要和急于交战的对手正面相抗，也不要被他们一定会发起的挑战所激怒，耐心等待远道而来的大军疲惫的时候。
这样的疲惫不会太遥远。
刘文静走出李世民的大帐，脑子里想到的不是壕沟应该挖到多深，营垒该筑造多高，而是看见了裴寂站在自己身前看似和蔼亲近实则居高临下的眼神令他血脉喷张