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主线剧情，简单来说，依旧是index的一成不变的那一套（大雾）：当妈碰到某妹子－>调戏妹子被index咬－>妹子ピンチ－>陷入科学&魔术的争端－>各种打&被打－>最后当妈一拳打飞幻想－>结束
具体来说，就是：一个厌倦了生活的小loli想要放一个超大魔法求死，于是需要建一个类似巴比伦塔的东西。但是一般人们是用灰机飞到空间站去的，于是loli策划了一起飞行事故，让建造宇宙エレベーター的计划得以实施。在这次事故里，灰机上88人全部都活下来（从宇宙里摔下来。。）了，于是称为「88奇迹」（其实死了个驾驶员，因此引起了这件事里的黑化mm出现）。
而剧场版的女主arisa（level0）就是在这次事故里出来的，唱歌引发了奇迹，于是救了88人。然后魔术界发现了这么个人，认为她可能是「圣人」，将要被利用在塔里放魔法摧毁地球于是便跟loli的亲卫队打起来来抢夺arisa，但是，被不明真相的当妈阻拦了。中间当妈及两人的hx生活过程，arisa的舞台唱歌过程跳过。。loli利用黑化mm成功抓走arisa到宇宙，让她在那的舞台唱歌（不唱就炸死全空间站里的观众），以引发魔法毁灭地球，顺便轰死自己。黑化mm和loli产生了矛盾，在空间站开打（炸了，但是都没死，别问我为什么）。
黑化mm因为听音乐是噪声，于是要去搞arisa。于是各路人马在通气之后，用各自的方式齐心协力来阻止地球被毁灭。。在黑化mm炸掉arisa的舞台之后，当妈赶到，并最后成功利用之前arisa唱歌的录音吸引注意力，然后一拳打飞黑化mm的幻想。黑化mm倒地之后，不自觉的开始哼歌，才发现那个歌是她自己唱的。。arisa果然是她幻想产生出来的（喂喂喂，为啥能幻想出一个「圣人」级别的人物啊）。然后两人手牵手融合了。。等当妈