虽然彻底占据了山鹿郡以及菊池郡，但是政良却没有立即率军离去。而是先让骑兵番队先行返回筑后，而他则是带领着大军暂时留在了菊池郡。
留在菊池郡，主要是先行将肥后的事情安排妥当。
首先是对防务的安排。圆城寺信胤、公文重忠、黑木实连、罗氏政宗所统领的第六常备足轻番队，驻点从肥后玉名郡的筒狱城更改为肥后菊池郡的偎府城、汤町城。原肥后玉名郡的筒狱城则改为第一番常备骑马队的分驻地之一。
此外，为了避免被谋叛者利用弃置的城砦据守，肥后的猿返城、神尾城、城村城、田中城、南関城将会被拆除。
与此同时，随着肥后山鹿郡以及菊池郡成为罗氏家的领地，筑后中南部也彻底成为了罗氏家的后方，所以木下昌直、上田真次、岛原纯茂所统领的第四常备足轻番队驻地改为新修筑的筑后国高良山下的高良城。而筑后中南部的猫尾城、山下城、田尻城、长延城也将与筑后生津馆、蒲池城一样，将会被同时拆除。
防务安排好后，接下来就是处置山鹿郡以及菊池郡当地的小豪族、小地头甚至原住民的问题了。对于当地的小豪族、小地头，由于家中此时正面临内部谋叛，所以不适宜在这个时候将他们强行转封从而激化与他们的矛盾，所以政良决定暂时采取妥协政策，暂时保持现状，待家中内乱平定后再行处置这些小豪族。
至于那些原住民。主要是采取胡萝卜加大棒式的分化政策。通过当初被人贩子贩卖到罗氏家肥前、筑后的原住民来劝说这些当地的原住民。为他们提供更好的田地，将他们逐步吸引出山区。同时有意识地将他们分流，避免他们从山区出来后又再一次形成部族从而威胁领地的安全。至于仍然顽抗者，则暂时以安抚为主，事后待罗氏家腾出手来后，再采取血腥的灭族政策，所有反抗者，男子一概就地砍杀。女子贬为奴隶分配给将士家臣。
最后，政良还独自与此次留守在肥后，负责统筹肥后所有事务的赤羽信之介进行了密谈。
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