在罗氏家众将的勇猛表现下，历经一个多月，甲斐亲直的大军一路行进，一路将沿路的阻挡势力连根拔起。
天文十六年（一五四七），九月，正是秋收之际，甲斐亲直的大军也杀到了苇北郡最后一座重镇水俣城下。
在甲斐亲直大军到来之前，为了加强水俣城的防守，守城大将犬童赖安几乎将周边所有的势力都召集到了水俣城中。此时的水俣城集中了近一千人的守城大军，而甲斐亲直的大军则是有四千余人。
而趁着犬童赖安将萨肥边境的守兵都调往了水俣城中之时，此前一直在水俣城附近负责牵制犬童赖安的守城大军的阿苏惟前则是乘机夺取了把控着从苇北郡进出萨摩出水郡的小城砦中尾城。
掌控了这座城砦，不但可以提前预警对面出水郡岛津家的入侵，更加与甲斐亲直的大军形成对水俣城的前后夹击之势。
两军对垒，立即就展开了激烈的笼城战。在连续数日攻城未果后，甲斐亲直果断改变了攻城策略，他暂停了攻城战，改为派人将水俣城附近所有的势力先行拔除掉，同时将城中的守兵的家人驱赶到水俣城下，每日在城下高声劝降城中的亲人。
期间双方又经历了数场激烈的笼城战，但是依然未能分出高下，城中的人未能击退城外的人，城外的人也未能攻克水俣城。
激战持续了数月，眼看就要进入年底。甲斐亲直按照与政良的约定，暗中通过已经彻底控制了八代海罗氏家水军运来了大量罗氏家的专有攻城兵器。准备一举拿下水俣城。
此前之所以没有立即使用这些攻城兵器。一是城中守兵士气正旺。即便使用这些兵器强行攻城，估计伤亡也会很惨重。
二是，政良希望通过这场战争锻炼一下新组建的第七常备足轻番队。虽然这个番队同样是采用以老带新的办法，从其他各个番队里抽取一部分的老兵进入新番队担任组头，以此来促使新兵迅速成长起来，但番队中的新兵毕竟还是占据了大部分的，正好利用这一次南肥后之战锻炼一番。