神殿的军事部分，如同任何正规的军事组织一样，是分工明确的，因为任何军队要面对的威胁和冲突的烈度等级都是不一样的，神殿军也一样---他们要面对的是整个多元宇宙可能出现的混沌感染威胁。
在这其中，混沌的威胁被分为10个大等级，而每个大等级内又有5个次级分层；这五十个等级从威胁最小可能冲突烈度最低的，只需要一个基层小队就能应付的【A1】级威胁，到可能需要一个军团和神战军倾巢而出的【凶-甲】级灾难，基本上涵盖了多元宇宙能遇到的所有混沌威胁。
而需要从总部专门派有经验的专员应对的，基本上都是A5级别以上的威胁了，至于雷曼的审查官欧文报告的A2级别的威胁，一般来说是不需要专员出动的，直接扔俩基层阿斯塔特战士或者是基层调查员带着量产检测仪过去就全解决了。
但是考虑到这是宇宙演算机关的暴走单元感应到的威胁，神殿专门拔高了等级，让但丁等人服务的【低等级威胁应对调查科】直接派专员，按照A5等级或者贝塔1等级去应对，而A5等级的具体定义是：
【在目标宇宙泡内部的单个宜居星球上的一个或者几个互相没有人员往来的定居点内，发现单个或者孤立的（即不依靠Xie教异端崇拜产生联系的）可能性比较隐蔽的混沌感染案例，并且相关案例存在可能被封印或者治疗的可能】
应付这种威胁的流程是这样的，首先要通过正式的确认程序将可能性的感染确诊成为【正式感染】，同时神殿军会派遣先头小分队进行样本压制和处理，对感染源头进行确认：混沌的感染多种多样，但是大体可以分为两种，有些是宇宙内的居民无意识的呼唤引来了混沌的力量，有些是已经隐蔽的有意识的对于混沌的呼唤。
如果感染源是有意识的，直接消灭，并且先头部队会呼唤大部队进行封印或者清洗作业；但是如果感染是无意识，而且又处在初级阶段，那么先头小分队还是会尝试进行拯救的，这种拯救的主要方式，就是切断无意识呼唤体