刘裕入主建康的首要任务不是追击桓玄，而是巩固自己在建康的地位，毕竟桓玄大势已去，不可能再有东山再起的机会，抓着了，是锦上添花，抓不着，也无伤大雅。
而且卫风摆明了是要夺取荆江二州，虽然刘裕很不乐意上游掌握在卫风手里，但人家有实力，大破魏军也令刘裕心存忌惮，因此他并不愿意在阵脚未稳时过早与卫风发生冲突，更何况放走桓玄也不是一点用都没有，桓氏在荆襄经营数十年，卫风想得到荆州，总不能轻轻松松，说不定还能磕掉大门牙呢！
桓玄主政时，事无巨细，亲历亲为，追求完美，自然也要求臣下不得有一丝缺陷，在给他的奏章中，即便是发现一个错别字，最起码也要罢官撤职，根本谈不上量才录用，而刘裕一改桓玄弊端，他不干涉政令革新，秉承用人不疑，疑人不用的指导方针，并把政事完全托付给了刘穆之，除此之外，还一力笼络高门甲族。
笼缀高门甲族离不开王谢，对于卫风倚重的王凝之与谢混一系，刘裕只维持着表面上的客气，因为他清楚在卫风垮台之前，这二系不可能为他所用，关键是卫风与这两系纠缠的太深了，谢混把两个宝贝女儿都许给了卫风，刘裕还能如何？
刘裕重用的是王导的直系，即曾给桓玄奉上玺绶的王谧，王谧当初也曾救过他一命，另一系则是谢重，即与谢混、谢道韫不大对眼的谢氏旁支，并把年仅十四岁的谢晦任为了孟昶的中兵参军。
只不过，刘裕虽无心追击桓玄，刘毅却立功心切。在刘裕入主建康的第十天，即五月十日，刘毅找到了刘裕，说道：“德舆兄。如今建康初定。但桓玄仍未伏诛，故毅请领水军攻打桓玄。必将生擒此獠，迎主上回镇建康！”
“这....”刘裕有了片刻的迟疑，只是拿不出正当的理由拒绝，在看了看刘穆之。刘穆之略一点头之后，便道：“好，既然希乐有心，就让无忌随你同去，你若取下荆江，二州刺史可择其一！”
刘毅心头大喜，郑重施了一礼：“请德舆兄放心便是。毅这就去