内，辽东巡抚驻扎在关外，事情的时机难免会相互等待。因为巡抚要听命于人，镇将权力过大，难以压制，调度无法顺利进行，导致凌城被围困多日无法解围。
长山一战失败，也未尝不是因为巡抚没有总督的权力。我仔细考虑后认为，在关外的巡抚必须加上督师的头衔。如果辽东巡抚万一有警报，就让他根据情况灵活剿灭敌人，镇将只听从他的命令。这样，事情才能得心应手，不会错过时机。
皇帝认为，孙承宗等人修建凌城，招致事端，辱国丧师，命令对他们进行处罚：孙承宗革职，赋闲在家。剥夺宁远叙功的锦衣世袭职。
祖大寿削去少傅、左都督职位，以都督同知的身份照旧管事，剥夺宁远百户世袭职位。
丘禾嘉降两级，照旧管事。
陈新甲削去官籍，成为平民。
吴襄革去职务，与宋伟一同接受审查，剥夺其他官员的职位，命令兵部分别讨论处理。
新任蓟辽总督曹文衡上奏说，监视太监邓希诏指责他军队缺额、士兵纪律松弛，以及他不公正、玩忽职守等事情。曹文衡逐条详细辩解，认为这些指责都是虚假的、欺骗性的，是欺君之罪。他请求皇帝立即下令，严格审查并处理此事。
皇帝回应说，总督肩负着边境的重大责任，应当真心实意地履行职责。朝廷自然会有明确的判断。不要因为这些纷争而影响边境事务。命令曹文衡遵照旨意，一心一意处理军务，不要再进行无谓的辩解。
凌河之战之后，吴襄革职审查，吴三桂来京城运作，先是拜见董其昌，让帮忙疏通关系，希望能为父亲吴襄减轻罪责。在董其昌的引荐下，吴三桂又结识了一些朝廷中的权贵和富商，他们纷纷表示愿意出手相助，但都需要一笔不小的费用来打点。
吴三桂深知，这些京城乐户行首手中掌握着大量的财富和人脉，是京城中不可或缺的力量。于是，他来到黄表田产府上。