机体互换实验的第二天。
今天是学校的大扫除。
有些事情并不会因为意外而停止。2年A班的同学们都拿好了清洁工具，刚刚擦完的黑板还滴着水，两个女生拿着抹布，擦拭着教室的窗户，周围的同学们忙忙碌碌的，无人在意小角落里有人正在摸鱼。
“那两位都请假不在呢。”
班长洞木光看了眼碇真嗣和绫波丽的座位。
明日香顺着她的目光看过去，略微有些出神。自碇真嗣驾驶零号机完成神经连接之后，谁也没料到会有意外出现，本来一切正常的数据瞬间紊乱，突然飙升的同步率使得机器疯狂报警。
与此同时，驾驶员的身体竟然在LCL液体中开始溶解，与其混为一体。
“怎么会……这个同步率……”
某种未知的恐惧感涌上心头，赤木律子的脸色立刻变得有些苍白，她在计算机上输入一串串的指令，并且难得焦急地下了命令，
“快停止实验！”
“——把驾驶员救出来！”
可等反应过来时，碇真嗣就已经被“困在”了零号机的体内。
直到现在还没有任何解决的办法。
“和零号机同步率过高，快要融为一体了吗？”
当时的葛城美里拧着眉头说。
尽管仪器上还能检测出驾驶员的生命特征，但驾驶舱内只剩一团模糊的人影了，好在碇真嗣的身体没有继续溶解下去，要不然驾驶舱内恐怕就只剩下LCL液体，再无其他杂质了。
不，与其说是融为一体，倒不如说零号机正在吞噬真嗣吧。赤木律子心说。对于使徒的研究，就如同一个未知而又大的惊人的黑匣子。
“现在强制将驾驶舱弹出呢？”
身为作战部部长的葛城美里提了个看起来可行的建议。
赤木律子摇摇头拒绝了：
“在驾驶舱与零号机分离前，真嗣的状态处于生与死之间，谁也无法保证直接分离的后果是什么，更大的可能是