新东京市的本部中。
碇源堂收到了来自松代的消息，冬月耕造在一旁汇报道：
“三号机被第十三使徒寄生，里面的驾驶员生死未卜。碇，麻烦事来了呢。”
“真嗣回来了吗？”他冷静地问。
“已经在安排专机回来了。”
“二号机的驾驶员……”碇源堂似乎想到了什么，他顿了顿说：“给初号机加装上傀儡系统。”
上次的机体互换实验中虽然出了事故，但大体上还算是成功的，至少验证了克隆人驾驶机体的可行性。给初号机加装傀儡系统，只是为了某种保障罢了。如果初号机的驾驶员心慈手软的话……碇源堂的眼神冷冽下来，正是考虑到这种可能性，他才会临时加装上傀儡系统。
从松代到东京的路程不远。
在专机的护送下，一行人很快就返回了地下都市。
此时的指挥室里，碇源堂正端坐在高台上，一旁冬月副司令侧立着，难得见两个司令都到齐，平常就算有使徒来袭，也不见他们两个的身影，责任全交到葛城美里和赤木律子的身上。碇真嗣有时觉得自己这个父亲说不定只是个吉祥物，像是什么点心店前摆着的揽客玩偶。
在他想这些有的没的时，赤木律子朝那边看了看，也没说什么，而是开始尝试救出明日香的方法。
“发出信号，强制弹出三号机的驾驶舱。”
在松代的时候。
三号机一下子就跑得没影了。
赤木律子打算让东京这边给三号机发出信号，看能不能先把驾驶舱弄出来，首先要保证明日香的安全才行。至于使徒，在她心中重要性反而不大，反而到最后也会被真嗣的初号机打倒。
“信号指令无法识别，弹出失败。”
“驾驶员呢？”赤木律子沉声问道。
“虽然还能侦测到里面驾驶员的呼吸和心跳，但恐怕……”
这可麻烦了。
连一旁的葛城美里都为此皱起了眉头，明日香还在三号机体