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拜见康格先生后没多久的9月21日，也就是光绪二十四年八月初六日的早晨，慈禧太后发动宫廷政变，宣布重新训政，囚禁光绪帝于中南海瀛台的涵元殿，并下令缉捕康有为等维新派人士，“戊戌政变”发生。康有为在政变发生的前一天逃离北京，谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、康广仁、杨深秀“六君子”于八月十三日（9月28日）被杀于菜市口。轰动一时的“百日维新”被慈禧太后为代表的顽固守旧势力所扼杀。
变法宣告失败以后，作为维新产物的京师大学堂，一时也处于风雨飘摇之中，虽然八月十一日（9月26日）颁发了《著停止变法京师大学堂仍行开办谕旨》，但人心惶惶，不可终日。
以吏部尚书、协办大学士管理京师大学堂的孙家鼐，为人谨慎，处事低调，在戊戌变法期间立场较温和，在激进派和保守势力之间常取中间立场：一方面主张向欧美学习，建议增设中心学堂、速成学校及医学校，并向光绪皇帝推荐冯桂芬、郑观应等人的著作；另一方面又指出“中国以礼教为建邦之本，纲常名义，万古常新”，认为固有制度不可打破，同时奏称康有为“学术不端”。所以在变法失败后，能在朝中继续留任，但更加小心翼翼，谨言谨行。
作为京师大学堂里芝麻粒儿般存在的孙元起，虽然曾被孙家鼐保奏为京师大学堂的格致教习，一时半会儿是不会追究到他头上的。本着“小心无大错”的原则，除了去崇实中学上课，一律躲在马神庙里，专心致志地把前世学的物理知识，系统地整理出来。在细节上，孙元起也做了一些检讨：比如上课时绝不提物理外的任何一事；自己对着镜子把前半个脑袋剃光了，虽然几寸长的头发编不成辫子，但戴着假辫子，倒真有几分清朝人的模样；出门绝对是布鞋、长衫、假辫子的装束。
西历9月30日是中国的中秋节，虽然崇实中学是西式中学堂，学校也循例放假半天，另外每位老师还发了一盒月饼、四个柿子、四个苹果。回来路上，孙元起又沽了二斤酒、几样熟