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孙元起尽管很忙，但在1899年的圣诞节前，还是努力抽空拜访了丁韪良大人和康格公使。
丁韪良是一如既往的和蔼，也是一如既往的唠叨。见了孙元起，就抱怨他那么久不来探望自己，又对京师大学堂的管理发一通牢骚。在抱怨和牢骚中，孙元起感受到这位老人的慈祥和善良。老人极力挽留孙元起和他共进午餐。在告别时，还叮嘱以后一定要经常来。
至于康格公使，见面就是一个拥抱。康格太太在握手后，笑着说：“我们收到了tomy来信，他在信中极力称赞你做出的突出成绩呢。”
康格先生拍着孙元起的肩膀：“这一年多以来，你一直过着隐士般的生活，所以才能取得这么优秀的成绩。你要知道，在你出名之后，很多人都在打探yorkjohnson是谁，这是外交官们乐此不疲的话题。尽管没有谁比我们还知道答案，但我们一直保持缄默。保守秘密是我的操守，无论作为军人，还是外交官。”
孙元起连番感谢。
在农历新年快要到来的时候，孙元起的论文终于攒好，论文名字就叫做《论动体的电动力学以及质量与能量的关系》。论文共分为三个部分：
第一部分是运动学部分，先把相对性原理和光速不变原理共同作为基本公设和出发点。从两个基本原理出发，推导出了著名的洛伦兹变换方程。同时，还导出了运动刚体的“长度收缩”、运动时钟的“时间膨胀”效应和速度的“加法定理”，把空间、时间同物质运动密切联系起来，揭示了空间和时间的相对性。
第二部分是把导出的洛伦兹变换方程组应用于电动力学，认为电磁场方程在不同的惯性系中具有相同的形式。因此，“只有作为电力和磁力的载体的光以太的观念不再适合于这里提出的理论”，即以太不存在。文中，还解决了把经典麦克斯韦方程应用于法拉第电磁感应实验所引起的不对称问题，探讨了多普勒原理和光行差的理论等。
第三部分则是推导出了赫赫有名的质能