张百熙交代的任务不重，只需把《学校学制初拟》和《私立经世大学章程》抄写一遍，去掉其中过于前卫的东西即可。过了几日，孙元起怀揣这誊抄好的文稿，来到张府交差。
张百熙在书房里亲切地接见了孙元起，喝了三四盏热茶，说了半天闲话，才扯到《章程》的事情上。当下孙元起从怀中拿出自己的草稿，恭恭敬敬地递给张大人，还要说些妄自菲薄的浑话：“下官才疏学浅，胡乱写了一些，尚请大人斧正！”
张大人也赞誉了几句，便把文稿且放在一旁，又天南海北地闲聊。等孙元起告辞的时候，才发现说了半天话，对于自己写的章程半点也没有讨论。心中虽然郁闷，却不好问，只有怏怏地回去了。
年前，张府终于派人送来一份修改版的章程。只看其中的《钦定京师大学堂章程》第一章“全学纲领”，便觉得和自己原先的旨趣相去甚远。比如第一节，孙元起原先拟定的是：“京师大学堂作为全国最高学府，其设立，为培养各学科专业之优秀人才，以促进国家兴盛、民族富强，使我中华屹立世界大国、强国之林。”张大人的修改版则变成了“京师大学堂之设，所以激发忠爱，开通智慧，振兴实业；谨遵此次谕旨，端正趋向，造就通才，为全学之纲领。”
再说第二节，孙元起写道：“京师大学堂之学子，须遵纪守法，尊师重教，积极向学，品德高尚，身体健康，热爱国家，热爱国民，实现德、智、体之全面发展。”修改版则变成“中国圣经垂训，以伦常道德为先；外国学堂与知育体育之外，尤重德育，中外立教本有相同之理。今无论京外大小学堂，于修身伦理一门视他学科更宜注意，为培植人材之始基。”
大学堂已经如此，更不用说蒙学堂（原先孙元起写的是“幼稚园”，被张大人径改成“蒙学堂”）、初等小学堂、高等小学堂、初等中学堂、高等中学堂了。好在往后翻的时候，发现学制、教学内容没有太大变化，只是增加了一些尊经、忠君的成分。关于大学预科，则被并入了大学部分；至于更高级