侍郎，是唐代以后中央六部的副长官。到了明朝，六部在北京有一套衙门，在南京还有一套班子。这样一来，每个部就有两个尚书；就这还嫌不过瘾，觉得无法满足天下读书人的野望，又把侍郎一劈为二，分成左侍郎和右侍郎。
到了清朝，倒是只有一个机构，不过和却要满汉分班，有一个汉尚书，一定就要有一个满尚书；有两个汉侍郎，一定还要有两个满侍郎。和大明相比，人员丝毫没有减少，差不多是换汤不换药。
如今是清末，类似于商部、巡警部、学部这些刚成立的衙门一时间找不到合适的人手，事务又相对单一，部里就只有一位尚书、两个侍郎。按照惯例，满人是左侍郎，汉人是右侍郎。即便以后有替换，也必须要保证这三人中有一位是满人。
侍郎是从二品，用现在的话说，就是党组成员、常务副部长，与从一品的尚书同为部中长官。孙元起原先不过是从四品的翰林院侍讲学士，任职才半年，自然不好直接转任从二品，于是在前面加了“署理”二字。所谓署理，就是官员出缺或离任时，暂时由其他官员代理该职务。
尽管清代“署理”，半数左右在新官到任之后，会退回原职或改任他职。不过就目前来看，凭着编写过《学校学制初拟》、《钦定学堂章程》的业绩，大清还没有谁敢自夸比孙元起更熟悉新式学堂的业务。故而在学部里，大家普遍认为孙元起在未来的一两年间必然转正，脱了“署理”的帽子。
二三十岁出任尚书、侍郎要职，如果是满清宗室成员，大家自然不会觉得惊讶。比如前文提到的载振，和孙元起一样年龄，都算是光绪二年（1876）出生，人家在二十九年（1903）就出任了商部尚书。但如果是汉人，尤其在和平年间的京城，不到三十岁就成为侍郎的就少之又少了。加上左侍郎熙瑛一直病歪歪的，没准哪天就追随先帝去了，部里的人对孙元起无一不是恭敬有加。
孙元起对于署理学部右侍郎，并不是很在意，只觉得这个职务对自己推广现代教育体制比较有用