军机处参考雍正朝设置，现在初立工作相对较少，按照赵昺的设想由三位臣僚协理，由大学士、各部尚书、侍郎、督抚等三品以上官员奉特旨充当，均为兼职，其数无定额，任期无限止。下有负责撰拟旨谕的和管理档案的帮办若干名。他们同样皆为兼职，由内阁中书、六部郎中、员外郎、主事、七品小京官由进士、举人出身者兼充；凡承旨入值军机处的官员，仍为原衙门的实缺并照例升转。也就是说大家都是‘借调’军机处工作而已。
军机处是应对战事的机构，但战争并不只是涉及军队，还会牵扯到方方面面，因而协理之人不仅要熟知军务，还要通晓政务，当然也是信的过的人。赵昺经过考虑，觉得还是应节严贴心，其治理军政皆是好手，且经验丰富，正是不二人选。
但老头儿毕竟年纪大了，不能靠其一人担起全部工作，因而赵昺选定的第二人是琼州的提点刑狱高应松，此人对大宋忠心不二，做事雷厉风行到琼后就将涉及刑狱之事处理完毕，绝对是干臣；另一位是吏部尚书陈仲微，岁数虽也大点儿，不过其在资历也深，为官清正，又熟知朝廷中的官员情况，也比较合适。至于那些帮办，赵昺则授权三人在朝中挑选，而他也将林之武、蔡乔和蔡若水三人放入其中加以锻炼。
公务处理的具体流程，赵昺也做了规定，每日寅时协理大臣前往宫中面见皇帝，聆听对军务的处理意见，成为‘承旨’；皇帝在征询协理大臣对事务的意见后下达指示，协理大臣回到军机处，将皇帝的意思转述给帮办们；帮办立刻‘拟旨’，然后协理大臣拿着拟好的御旨，再回宫中报呈皇帝批准，一来一去间事务处理完毕。
协理大臣每日承旨后，留一人在值房轮值，两日一换班。以其中一人为首，称作总理事，当前非应节严莫属了；帮办分成左右两班轮流值守，日夜不可离开，即便是节日也不能离开。现在每班暂编十五人，由协理大臣任命其中一人为主办，一人为同知，平日由他们带领帮办们工作。
赵昺追求高效，而对军机处工作人