女真海盗在很长时间中，一直在海上从事打家劫舍的事业，即使是后来的完颜阿骨打带领女真人建立了金朝，仍然有不少人选择投身海上去做海盗。但是随着蒙古人的崛起，金国灭亡，女真人成了蒙古人的附庸，而这些传统海盗皆受到了沉重打击，一时间一蹶不振。
元朝初年确实有一段海军强盛的时期。由于与南宋的作战以及灭宋过程中吸纳了南宋归附的水军，元朝继承了南宋王朝的海军优势。蒙古对高丽武家政权的打击，以及随后两次征日行动，对高丽沿海地区豪强势力带来了极大的伤害，因此这些地头蛇们无力再继续投资海盗活动。
不过海盗并没有因此而绝迹，只是转入了低潮，而蒙古人的战争又使另一股海盗随之崛起。元王朝对日战争使得本来就已经走向衰落的镰仓幕府财政破产，陷入南北朝时代，大量武士沦为恶党和浪人，他们出海集结成大批的倭寇，袭扰元朝沿海。大规模的倭寇活动，开始正式在亚洲历史上出现。
这些倭寇对高丽沿海地区的熟悉，收编了被高丽沿海豪强们抛弃的海盗势力，至此著名的倭寇开始露出了他们的獠牙与魔爪。照理说，元朝既然继承了宋朝的水军优势，应当能够有效惩治这些倭寇吧？并没有！由于元王朝长期处于财政入不敷出的状态，水军在与赵昺率领的大宋水军战斗中屡战屡败，加之征讨安南、占城的战争损失惨重，是蒙元无法再重新打造一支强大的海上力量，只能任由倭寇来去自由。
倭寇的袭击既见于闽浙，也见于江苏、山东、河北、辽宁等地，覆盖整个元王朝沿海，高丽连年都会发生倭寇入侵事件。入侵的倭船少者五十余艘，多者则达二百余艘，每到高丽一地，则庐舍尽焚。而漕船也成为倭寇掳掠的主要目标，迫使高丽王朝最后改漕运为陆运。
面对猖獗的倭寇，蒙元别说当下无力清剿，估计还会觉得挺有用处，甚至会暗中支持。海盗的骚扰让占领江南的宋朝水军，不得不在信风季派遣战船保护海上贸易线，为商船护航，从而牵制了宋军的兵力，无法通过