脊索动物逐渐进化来的。现代脊椎动物各物种更都有了几亿年的进化史。
为什么几乎所有动物的门会在较短的时间（数百万年！）内进化出来，生物学家们提出了不少的解释，目前被较为广泛接受的是Hox基因调控理论。Hox基因是一种“同源异形”基因，是动物形态蓝图的设计师，在发育过程中控制身体各部分形成的位置。如果同源异形基因发生突变，会使动物某一部位的器官变成其他部位的器官，叫做同源异形。比如，让某个同源异形基因发生突变，能使果蝇的身体到处长眼睛，在该长眼睛的地方长出翅膀，或者在该长触角的地方长出了脚。Hox基因在所有的脊椎动物和绝大部分无脊椎动物中都存在，调控的机理也相似，这表明它可能是最古老的基因之一，在最早的动物祖先中就已存在。Hox的突变一开始时在胚胎早期引起的变化不大，但随着组织、器官的分化定型，突变的影响逐步被放大，导致身体结构发生重大的改变。这可以解释寒武纪物种大爆发。那时候基因结构、发育过程都较简单，Hox的基因突变容易被保留，结果导致了身体结构的多姿多彩。
达尔文进化论在经过修正后，到现在仍然是生物进化论的主流学说，具有无比强大的生命力。但是为什么我们每隔一段时间，就能听到达尔文进化论遭受挑战、被质疑乃至被否定的说法呢？这有宗教因素，也有思想、文化因素（许多不信基督教的人文学者也不喜欢达尔文进化论的机械色彩），值得注意的是，还有科学家的心理因素。一些科学家为了强调自己研究的课题的重要性，会有意无意地夸大其研究成果的价值，甚至有的人明明站在巨人的肩膀上，却又巴不得一脚把巨人踢倒以显示自己的伟大。这就要求我们，对惊人的说法要格外保持警惕，不要轻信。
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