原氏，不敢轻举妄动，便派遣其弟源义经、范赖出兵西上。不便一直赖在京都的源义仲不得不到备中（冈山县西部）去打平氏的重衡、通盛、教经，但却遭到大败。听说源义经等西上便又不得不回兵京都。就在这个当口儿，看到形势对不利后，源行家背叛了曾帮助过自己的侄儿，将想挟后白河法皇北上的事向后白河法皇告密。这样一来，西有平氏，东有源义经、范赖，处于腹背受敌的境地。在这一节骨眼，又因为言语不和得罪了来他这里的后白河法皇的亲信知康，知康立奏：“有反心，当尽速讨之”，后白河法皇便下旨：“叛事如是事实，宜立即西下去讨伐平氏；若要防止源赖朝入京，亦可不听圣命自处。源赖朝在京城动辄惊扰圣听殊为不妥。”这时，后鸟羽天皇到法住寺行幸，形势极为紧张。处在了要么坐以待毙要么起兵造反的尴尬境地。
大闹皇宫
在这种情况下，当年11月19日，举起了反旗，他领兵包围了法住寺殿，和官军开战，杀死百余人，并放火烧了皇宫。在乱军中圆慧法亲王（后白河法皇之子）被杀，延历寺住持也死于非命；所幸后白河法皇和后鸟羽天皇逃出了虎口。罢免了文武官员四十多名，将众多公卿关了起来；罢免了原摄政藤原基通，将其换成前关白（摄政关白，官名，相当于宰相）藤原基房之子师家；又将藤原基房的美貌女儿据为己有，这是学习平氏做法想当摄政关白家外戚。12月，要求发出讨伐源赖朝的檄文；并试图和西国的平氏言和来一起对付源赖朝，可惜遭到平氏的拒绝。在这个月里，还任命自己为“征夷大将军”。但为防备源行家，他派兼光带兵去河内；又因西国有平氏也须分兵，京都手中的兵力已十分薄弱。
惨遭剿灭
英勇善战的源义经正是在这种情况下，疾风般地杀入京都的。本想挟持后白河法皇，怎奈后白河法皇住地“御所”戒备森严无从下手。他本要和从宇治败退下来的兵马会合，但当他到达三条河滩时，他的阵营中早已经白旗招展。他在乱军中杀开一条血路，来到近江附近时，手