最后福原工程烂了尾，京都作为首都又维持下去。
正所谓树大招风，作为全日本唯一的大城市，京都在战国乱世一开始就成了混乱的中心。应仁之乱使京都几乎化为灰烬。
细川家联盟的东军兵力有16万，山名家联盟的西军有11万，这两支由各地乡下武士组成的大军人数有27万之多，京都本身的常驻人口才不多15万。如此众多的军队以京都为中心开始混战。
无论谁杀进城里，都会对对方首脑在京都里的房舍进行焚烧抢掠，大火蔓延吞没了附近百姓和公卿的房屋。进入大城市的乡下暴兵全无纪律，烧杀*无恶不作。
一些依附于两军的盗匪和野武士也流窜进京作恶，两军对这种活动也视而不见。像属于东军的足軽骨皮道贤组织的强盗集团虽然干的是强盗的生计，却也攻击西军，所以虽然他们顺便将京都无辜百姓也一起加以攻击抢掠，理应维护京都治安的东军首脑便也默许了。
等到东西两军经过大混战后各自溃散，全国已经陷入了战国时代，京都的大部分街区也已经被烧毁，人口凋零。作为一国首都的京都，早已失去往日的威严，无论天皇还是平头百姓都成了生活在废墟上的难民。
生活在在城里的公卿们不再能享受昔日的繁华，没有人再给支付他们工资，他们甚至要为生计发愁。有些本事的公卿开始做生意，有的人依靠祖传的配药手艺搞起成品药批发，据说生意还不错，甚至可以有盈余来接济同样穷困潦倒的天皇。对于大多数没有本事的公卿来讲，他们只能靠卖儿卖女过活。
要些面子的就托关系联络地方上有钱有势的武士，把女儿嫁给人家儿子做媳妇。地方上的粗鄙武士也很高兴接受个贵族儿媳妇给家族换换品种，在接受血统高贵的儿媳的同时，他们会给儿媳的娘家一大笔买断费用，嫁出女儿的公卿们靠着这一大笔聘礼能活好一阵。
至于不要脸的公卿，就索性逼女儿和儿子出去做泄欲工具，不少公卿家的女儿被大名看中要去做妾，儿子也被买了当侍童，姐弟二