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天启三年（年），他自任东厂提督；
锦衣卫的都督，则是他的干儿子田尔耕。
厂卫勾结，大兴冤狱，残害异己官吏，勒索钱财，暴虐百姓。
“民间偶语，或触忠贤，辄被擒僇，甚至剥皮、刲舌，所杀不可胜数，道路以目”（《明史·魏忠贤传》）一次，京城四个平民在密室夜饮，一人酒酣耳热，大骂魏忠贤，其余三人不敢出声。
骂者话音未了，突有隶役数人冲入，捉四人面见魏忠贤，魏下令将骂人者当场剥皮，另三人赏钱放回。
生还者吓得魂飞魄散，险成疯疾。
魏忠贤肆虐专政七年，使明末各种社会矛盾更加激化，加速了明王朝的崩溃。
思宗即位后，虽然逮捕了魏忠贤，罢逐了阉党，但积重难返，他仍然任宦官、倚厂卫，还振振有词地埋怨大臣：
“苟群臣殚心为国，朕何事乎内臣”（《明史·宦官传》），就这样直到明朝灭亡。
东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂公或督主，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。
通常由司礼监中排名第二或者第三的秉笔太监担任，其官衔全称为“钦差总督东厂官校办事太监”，简称“提督东厂”。
东厂的属官有掌刑千户、理刑百户各一员，由锦衣卫千户、百户来担任，称贴刑官。
除此以外，设掌班、领班、司房四十多人，由锦衣卫拨给，分为子丑寅卯十二颗，颗管事戴圆帽，着皂靴，穿褐衫。
其余的人靴帽相同，但穿直身。
具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，又叫“档头”，共有一百多人，也分子丑寅卯十二颗，一律戴尖帽，着白皮靴，穿褐色衣服，系小绦。
役长各统帅番役数名，番役又叫“番子”，又叫“干事”，这些人也是由锦衣卫中挑选的精干分子组成。
东厂不仅在机构及人员配置上更加精干合理，而且在侦缉