方密之不去想这些问题，他又改了名字，继续从事老本行——当和尚念经，采药无证行医。在念经和行医的业余时间，方密之将过剩的精力用于研究科学和发表论文，出版了大量关于古文学、古哲学、礼乐、律数、声音、光影、天文、地理、文字、书画、医药、琴剑、技勇等专业论文和诗、词、剧本等文学作品。
就在方密之准备老死山林时，官兵又上门了。这次是有人举报方密之和一些复社分子有联系，在其僧衣的掩盖下是一颗意图推翻新朝廷的险恶用心。
朝廷相信了举报人的话，也认识到了问题的严重性：和尚造反比俗人可怕，有信仰之力，有上神保佑，当年朱元璋正是以寺庙为根据地造反赶走了异族。
清朝廷越想越怕，给方密之的耐心也终于用尽了。既然仁慈没有用，那朝廷可要露出獠牙了；既然方密之不想体面，那朝廷就帮他体面。
很快，方密之遭到了逮捕，被押解前往广东受审。
在押解到江西万安惶恐滩时——就是“惶恐滩头说惶恐”的那个惶恐滩，方密之忽然死了，死因不详。有人说是寿终正寝，有说是当年蹭破关节的旧伤复发，有人说是投江殉国，有人说是服了自撰的养生良方去世，也有人说是修佛有成坐化飞升到了佛国。
这么一个僧人、文人、老人，硬是给朝廷逼死了。朝廷做的过分吗？不过分。明明可以无理由直接杀了的，却强行找了个理由，这样的良心朝廷让人无话可说。
方密之这年61岁，本命年，没逃过本命年魔咒。
回顾其一生，可以发现其中有太多的无奈：时代需要的是军事家政治家阴谋家，他却偏偏只是个鸡肋一样的科学家；有能力、有资历、有知识、有学历、有抱负、有道德，却最终一事无成；本是闲着无聊学习的医学和佛学，最终成为其吃饭的工具和一生的事业；一个儒生扮起了战士角色，操起刀子去捅人；想当官当不成，想隐身隐不了；想死时死不了，想活时活不下去；搞反革命作死时被无罪释放，心灰意懒出家不问俗