即致力于恢复已中断百年的天皇亲政，他着后改革宫廷的礼仪制度，减少宫廷费用，没收未经天皇颁发地契的土地，于是反藤原的各种势力集合在他的周围。后三条天皇打破门阀限制，起用地位较低的中下层贵族参与朝政，改变了藤原氏独霸的局面。
熙宁二年，后三条天皇着手整顿庄园，他在中下层官员的支持下，准备对藤原赖通的庄园加以限制。可是碍于摄关政治的成例，天皇还不能随意贯彻自己的旨意。实际把持朝政的是摄政关白（相当于宰相）藤原赖通。
熙宁四年，后三条天皇的改革遭到挫败，出家当了和尚。他的儿子白河天皇即位，白河天皇看到大宋如日中天，便派出使臣，需求大宋的支持。日本使臣在流求岛遇到巡视船厂的赵顼，因为后世的感情问题，赵顼没有理睬。后来，白河天皇拿出上亿贯的礼单，总算在政事堂那边得到支持。
藤原氏把持日本朝政是从唐朝时期开始的。唐朝显庆五年，唐朝大将苏定方征讨百济时，日本全国动员增援百济，动用的兵力达到数十万。白江口一战，唐朝大军火烧日本千艘战船，日本的两万精锐水师被一举全歼。正是这一仗，才导致日本皇室的衰弱，藤原氏由此把持日本朝政百余年。
受此一战，日本对唐朝敬仰有加，每天都会耗费巨资打造海船，多派遣唐使。平安京就是仿照唐朝长安兴建的。时至今日，日本人皆以成为宋人为荣，拥有宋人血脉为荣，这都是从唐朝开始的。
“政事堂打算怎么支持日本？如果得不到日本粮食的补充，朕不放心。朕很快就得南征了，日本的事情要尽快敲定。”赵顼沉思了一段时间后，命令道。
沈括是宰相，连忙回答道：“自微臣的几大发明推广应用后，日本与大宋的贸易日益繁荣，大量的日本百姓移民到了大宋。在东南各路大约有一百多万日本百姓，光是上京城就有十万多人。日本人口大量锐减，白河天皇显得很焦急，恳求大宋能移民补充日本人口。政事堂商讨过后，决议从登州，将河北东路十万户百姓迁徙到日本。安