烧得面目全非。其他公卿东逃西窜，出现不少负伤者。与之同时，正殿紫宸殿也发生落雷，烧死三人。
醍醐天皇因亲眼目睹惨状，从此病倒。三个月後宣布退位，让年仅八岁的朱雀天皇即位。退位後一周，醍醐天皇驾崩。右大臣藤原忠平负责摄政、关白。忠平是时平的弟弟，菅公怨灵其实可以向他下手。然而，忠平个性温文尔雅，菅公在世时，两人交情很好，所以忠平始终受老朋友庇护。而时平家系则彻底受怨灵作祟，长男、三男及两位女儿接二连三病死。菅公也在此时期由怨灵成为雷神。
九四二年，右京七条有位女巫多治比文子受菅公神托，於九四七年在京都北野建立了一座小小祠堂。九五九年，右大臣藤原师辅再度增建神殿。菅公雷神变成了天神样。天神的正式名称是「天满大自在天神」，菅公神社也就被称为「北野天满宫」、「北野天神社」。九八七年，一条天皇下令在北野天满宫举行诏祭。这年是菅原道真死後八十四年。也是在这年，菅公终於脱离怨灵、雷神形象，成为朝廷的守护神。
而江户时代，歌舞伎剧、净琉璃纷纷将菅公故事编入剧中，让他又增加学问、诗文、艺能神形象。现代日本人则将菅公固定为学问之神，是全日本考生的庇护神。目前日本全国各地的北野天满宫，约一万三千社。
菅公在边境太宰府过第一次九月九日重阳节时，因思忆清凉殿种种，曾留下一首诗：
去年今夜侍清凉
秋思诗篇独断肠
恩赐御衣今在此
捧持每日拜馀香
总之，平安时代以来，日本朝廷之所以罕见因争权夺利而将政敌赶尽杀绝的例子，主要原因正在於此「怨灵思想」。而要避开怨灵作祟，最有效的方法就是将对方崇祀为「神」，祗奉为自己的守护神。若按照这「日本逻辑」来看，日本所有自古代神话故事所滋生的神社，前身恐怕都是「怨灵」了。
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